Z protikorupčního hlediska byla při formování samostatných republik v Česku a na Slovensku důležitá také reakce bezpečnostních složek, které sloužily bývalému režimu. Na jedné straně část populace žádala jejich potrestání, na straně druhé bylo důležité provést transformaci bezpečnostních složek tak, aby se nevzbouřily, ale nadále pomáhaly udržovat v zemích pořádek.
Z legislativního hlediska bylo nutné změnit hlavně zákon o služebním poměru příslušníků Sboru národní bezpečnosti (SNB) a přijmout zákon o služebním poměru příslušníků Policie ČR/Policie SR. Danými legislativními změnami došlo k formování sítě velení a ředitelství v přibližně stejné struktuře, jaká se používá v současnosti. Zavedeno bylo také podřízení se prostřednictvím velení až ministrovi vnitra.
Problémem zejména na Slovensku bylo, že toto uspořádání mělo jen velmi obecně vymezená a spíše morální pravidla než konkrétní směrnice pro postupy během trestního řízení. Kvůli chybějícím mantinelům v pravomocích docházelo k zneužívání bezpečnostních složek politickými nadřízenými. Tomuto jevu napomohl výrazný podstav v počtech policistů – mnozí skončili ze strachu z revanše, či kvůli tomu, že jejich mzda v nové době nedostačovala. Je známo, že v čase transformace docházelo také k opakovaným zpožděním ve vyplácení mezd. Mnoho příslušníků se tak nechalo zkorumpovat a snažili se zalíbit politickým aktérům.
Pokud politická moc měla nekalé úmysly, bylo poměrně jednoduché tyto emoce a nejistou dobu zneužít. Příkladem byly už na sklonku sametové revoluce hromadné skartace dokumentů StB. Nově nastupující slovenský lídr Vladimír Mečiar nezahálel a k těmto krokům dával nařízení hned, jak to bylo možné. Dodnes je přitom z mnoha výpovědí svědků zřejmé, že některé spisy týkající se byznysových a politických oponentů zkonfiskoval a v pozdějším období s nimi operoval.
